RIP

原理： RIP(RNA Binding Protein Immunoprecipitation，RNA结合蛋白免疫沉淀)，它能识别在体内细胞环境中DNA的目标DNA结合蛋白。RIP可以用来识别特定的RNA分子(多种)与特定的核或胞质蛋白之间的相互作用。这些实验包括免疫共沉淀内源生成的RNA结合蛋白免疫复合物和与RNA结合蛋白相互作用的任何一种独立的RNA。这些RNA种类的提纯使得能够鉴定和识别mRNA (以及与它们相关的潜在非编码RNA)并且可以直接用各种实验验证，包括定量RT-PCR、基因芯片(RIP-chip)和深度测序或2 代测序基础平台(RIP-Seq)。

应用：

RIP可以看成是普遍使用的染色质免疫沉淀ChIP技术的类似应用，但由于研究对象是RNA-蛋白复合物而不是DNA-蛋白复合物。95%的人类基因组并不编码基因，而是产生大量的非编码RNA，真正编码蛋白质的基因只占人类总基因组的约2%。这些非编码RNA在生命的生长发育的各个阶段都发挥着重要的调节作用，与艾滋病、白血病、糖尿病、畸形等多种病变密切相关，并且参与着干细胞和表观遗传学调控。而RNA-蛋白复合物驱动了几乎所有细胞过程的基因表达的转录后调控，包括剪接（splicing）、出核转运（nuclear export）、mRNA 稳定性以及蛋白转译过程，因此，对基因调控的了解就有赖于确定这些过程中RNA的结合的变化。因此，RNA研究也被越来越多的科学家重视起来，目前已经成为生命科学研究中一个炙手可热的领域，而RIP技术也逐渐成为RNA研究领域的一项常规方法，帮助我们了解越来越受关注的转录后调控网络。