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4D-DIA定量蛋白质组学

4D-DIA定量蛋白质组学

4D-蛋白质组学是基于新一代timsTOF Pro质谱仪,通过捕集离子淌度(TIMS)与同步累积连续碎裂(PASEF)扫描模式进行差异定量蛋白质组学研究。该技术核心是在传统3D分离(保留时间、质荷比、离子强度)基础上,增加肽段的碰撞截面积(...

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4D-蛋白质组学是基于新一代timsTOF Pro质谱仪,通过捕集离子淌度(TIMS)与同步累积连续碎裂(PASEF)扫描模式进行差异定量蛋白质组学研究。该技术核心是在传统3D分离(保留时间、质荷比、离子强度)基础上,增加肽段的碰撞截面积(CCS),实现第4维度(离子淌度)的分离检测。 4D-DIA蛋白质组学是基于timsTOF Pro离子淌度平台的新一代DIA技术,通过数据非依赖采集-同步累积连续碎裂(diaPASEF)扫描模式进行差异定量蛋白质组学分析。将DIA技术与基于timsTOF Pro上的diaPASEF技术相结合,具有高扫描速度和高灵敏度优势的同时,外加第四维离子淌度分离,使DIA数据在采集时不牺牲窗口循环速度的同时,降低谱图复杂度和提高离子利用率,实现了蛋白质组学在覆盖深度、灵敏度、通量方面的全面性提升。



实验流程:
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应用方向:

 临床微量样本最佳检测方式,如:外泌体、FFPE石蜡切片、活检穿刺组织等;


 临床大队列样本分析,如肿瘤、心血管等重大疾病精准分型;


 作物群体性状等大规模样本研究,如育种品系、胁迫干预等;


 临床生物标志物发现:DIA接近MRM的定量能力,实现标志物筛选与初步验证过程合二为一;


 生物样本信息库构建:DIA可实现生物信息的完整保存,为后续回溯分析提供保障。药物应答、基因敲除/过表达的蛋白表达谱分析。

技术优势:

 4D技术加持,更加适合微量样本;


 克服标记定量蛋白质组学技术在样本数量上的限制,灵活方便;


 采用布鲁克的timsTOF Pro质谱平台,检测速度提升近一倍。



推荐组合产品:

(1)组学“黄金”联合、激酶研究:4D-label free + 4D-label free磷酸化蛋白质组;

(2)大样本分型研究优选,大分子专属平台,质量与效率双重保障:4D-DIA + 4D-DIA磷酸化蛋白质组。



据分析:


标准数据分析内容

鉴定结果统计与分析

样本蛋白质及肽段鉴定柱状图、PCA分布图、定量差异统计分析

生物信息学分析

GO及GO富集、KEGG及KEGG富集分析、PPI互作网络与module分析

差异上下调蛋白KEGG蝴蝶图、KEGG通路功能归属等

高级数据分析内容

标志物筛选

集成机器学习、LASSO回归分析、标志物panel、ROC分析

分子分型分析

无监督聚类分型分析、蛋白质组+转录组联合分析、激酶分析

临床表征与组学结果联合分析

疾病相关功能模块分析

WGCNA共表达分析

生存曲线分析

临床分型与生存曲线分析