蛋白泛素化修饰（Ubiquitination）常伴随泛素-蛋白酶体降解，引起蛋白稳定性变化，参与增殖凋亡、内吞、免疫等各种生物调控过程。其发生过程是通过一个三酶级联 (E1-E2-E3)反应，使得单或多个泛素分子连接到蛋白氨基酸（Lys）侧链上，并常伴随蛋白酶体降解，调控蛋白表达水平变化。发生泛素化修饰的赖氨酸共价连接泛素分子，即两个甘氨酸K-ε-GG残基，使分子量产生114.1 Da的质量偏移。利用质谱可精确测定分子量是否发生114.1Da的质量偏移，从而检测泛素化修饰肽段及位点。 4D-label free泛素化蛋白组学是基于新一代timsTOF Pro质谱仪，通过数据依赖性采集-同步累积连续碎裂（ddaPASEF）扫描模式进行泛素化差异蛋白质组学分析。4D-label free修饰组，利用了离子淌度分离，能根据分子的形状、截面积属性，可有效区分修饰同分异构多肽，极大提高修饰的鉴定深度，以更少上样量、更快扫描速度，实现蛋白质组学在覆盖深度、灵敏度、通量方面的全面性提升。