蛋白质磷酸化修饰（Phosphorylation）是生物体内最重要的共价修饰方式之一，是目前分布最多、也是最广泛研究的修饰，其发生过程是在激酶（kinase）催化下，将ATP的磷酸根基团转移到蛋白的氨基酸（Ser、Tyr、Thr）侧链上。蛋白质的磷酸化和去磷酸化这一可逆过程调节着包括细胞增殖、发育、分化、信号转导、细胞凋亡、神经活动、肌肉收缩及肿瘤发生等过程在内的所有生命活动。发生磷酸化修饰的氨基酸上共价连接磷酸基团，其分子质量会增加发生79.97Da。利用质谱可精确测定分子量是否发生79.97Da的质量偏移，从而检测磷酸化修饰肽段及位点。 4D-label free磷酸化蛋白组学是基于新一代timsTOF Pro质谱仪，通过数据依赖性采集-同步累积连续碎裂（ddaPASEF）扫描模式进行差异磷酸化蛋白质组学分析。4D-label free修饰组，利用了离子淌度分离，能根据分子的形状、截面积属性，可有效区分修饰同分异构多肽，极大提高修饰的鉴定深度，以更少上样量、更快扫描速度，实现蛋白质组学在覆盖深度、灵敏度、通量方面的全面性提升。