蛋白甲基化（Methylation）能修饰组蛋白、转录因子等蛋白上的甲基化变化，参与基因表达调控、相互作用等多种过程中。其发生过程是将甲基化通过甲基酶促转移到蛋白质的氨基酸残基上。蛋白质的甲基化通常发生在精氨酸和赖氨酸上，可同时连接最多3个甲基基团，其单/双/三甲基化的分子量会相应增加14.02 Da/28.03 Da/42.05 Da。质谱可精确测定这些分子量的变化，检测甲基化修饰肽段及位点的分析。 4D-label free甲基化修饰蛋白组学是基于新一代timsTOF Pro质谱仪，通过数据依赖性采集-同步累积连续碎裂（ddaPASEF）扫描模式进行甲基化差异蛋白质组学分析。4D-label free修饰组，利用了离子淌度分离，能根据分子的形状、截面积属性，可有效区分修饰同分异构多肽，极大提高修饰的鉴定深度，以更少上样量、更快扫描速度，实现蛋白质组学在覆盖深度、灵敏度、通量方面的全面性提升。